知网查重不放参考文献的主要原因是因为参考文献的引用格式不符合要求，或者参考文献未被正确识别。在进行论文查重时，知网系统会根据参考文献的格式和内容进行比对，如果格式有误或者无法识别，就会导致查重结果不准确。为避免这一问题，作者在撰写论文时应注意参考文献的格式，确保符合要求，同时在上传论文时，可以手动添加参考文献信息，以确保系统能够正确识别。

另外，知网查重不放参考文献的原因还可能与文献本身的版权或来源有关。如果参考文献涉及版权问题或来源不明，知网系统也可能无法正确处理这些文献，导致查重结果不准确。为解决这一问题，作者在使用参考文献时应注意文献的版权情况，尽量选择正规来源的文献进行引用，以确保系统能够正常处理。此外，如果遇到查重不放参考文献的情况，可以联系知网客服进行反馈，寻求帮助解决问题。